สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมยะลาเขต 3 จัดตั้งขึ้นตามประกาศกระทรวงศึกษาธิการ ซึ่งประกาศในราชกิจจานุเบกษาและประกาศกระทรวงศึกษาธิการเรื่อง ปรับปรุงแก้ไขการกำหนดเขตพื้นที่การศึกษาและกำหนดเขตพื้นที่การศึกษาเพิ่มเติม พ.ศ. 2550 ประกาศเมื่อวันที่ 9 กุมภาพันธ์ 2550 และได้มีการประกาศใน ราชกิจจานุเบกษา เล่ม 124 ตอนพิเศษ 29 ง. เมื่อวันที่14 มีนาคม 2550 โดยได้กำหนดเขตพื้นที่การศึกษาเพิ่มเติมในจังหวัดยะลา ปัตตานีและนราธิวาส จังหวัดละ 1 เขต สำหรับจังหวัดยะลาได้กำหนดพื้นที่การศึกษาดังนี้
          1. สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษายะลาเขต 1 ประกอบด้วยท้องที่อำเภอเมืองยะลา อำเภอรามัน และอำเภอกรงปินัง สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาตั้งอยู่ที่อำเภอเมืองยะลา
          2. สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษายะลาเขต 2 ประกอบด้วยท้องที่อำเภอบันนังสตา อำเภอยะหาและอำเภอกาบัง สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาตั้งอยู่ที่อำเภอบันนังสตา
          3. สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษายะลาเขต 3 ประกอบด้วยท้องที่อำเภอธารโตและอำเภอเบตง สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาตั้งอยู่ที่อำเภอเบตง


          ปัจจุบัน ได้เปลี่ยนชื่อเป็นสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษายะลา เขต 3 ตามประกาศกระทรวงศึกษาธิการ เรื่องการกำหนดและแก้ไขเปลี่ยนแปลงเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษา ประกาศในราชกิจจานุเบกษา เมื่อวันที่ 17 สิงหาคม 2553 โดยตั้งสำนักงานที่อำเภอเบตง ซึ่งอยู่ด้านทิศใต้ของจังหวัด มีชายแดนติดต่อกับ รัฐเคดาห์และรัฐเปรัค ประเทศมาเลเซีย มีระยะทางห่างจากจังหวัดยะลา 140 กิโลเมตร และห่างจากกรุงเทพ 1,590 กิโลเมตร มีเขตบริการครอบคลุมพื้นที่ 1,976.01 ตารางกิโลเมตรแบ่งเป็น 2 อำเภอ 8 ตำบล3 เทศบาลและ 7 อบต. ดังนี้

อำเภอ	ตำบล	เทศบาลตำบล	อบต.
1.เบตง	1.ตำบลเบตง 2. ตำบลยะรม 3. ตำบลตาเนาะแมเราะ 4. ตำบลอัยเยอร์เวง	1. เทศบาลเมืองเบตง 2. เทศบาลตำบลธารน้ำทิพย์	1. อบต.ยะรม 2. อบต.ตาเนาะแมเราะ 3. อบต.อัยเยอร์เวง
2. ธารโต	1. ตำบลธารโต 2. ตำบลแม่หวาด 3. ตำบลบ้านแหร 4. ตำบลคีรีเขต	1. เทศบาลตำบลคอกช้าง	1. อบต.ธารโต 2. อบต.แม่หวาด 3. อบต.บ้านแหร 4. อบต.คีรีเขต
2 อำเภอ	8 ตำบล	3 เทศบาล	7 อบต.